Los patógenos son agentes (virus, bacterias u otros) que pueden causar enfermedades. Hay ciertos patógenos que pueden transmitirse vía alimentos generando un tipo de enfermedades llamadas ETAs (Enfermedades Transmitidas por Alimentos). Hay cuatro bacterias que son las responsables de la mayoría de estas enfermedades: Salmonella, Listeria, Campylobacter y E. coli. Estos patógenos pueden encontrarse en los alimentos de manera natural.

Las bacterias Salmonella spp. son una de las causas de intoxicaciones alimentarias más frecuente. Es una bacteria que vive en el tracto intestinal de los humanos y otros animales, sin provocar problemas de salud. Cuando estas bacterias proliferan más de lo normal por la llegada de más bacterias provenientes de algún alimento contaminado, se produce un desajuste que provoca la enfermedad denominada: "Salmonelosis".
Por lo general, esta enfermedad suele producir diarrea, dolor abdominal y fiebre, aunque también puede venir acompañada de dolor de cabeza, nauseas y vómitos. La deshidratación ligada a estos síntomas hace que esta enfermedad sea de importancia en niños y ancianos donde puede desencadenar problemas severos.
El alimento que más frecuentemente puede transmitir la enfermedad son los huevos, sin olvidar otros alimentos de origen animal, como carne de ave, leche y productos lácteos y pescados (estos últimos en menor medida).
Las frutas y verduras que no se han lavado bien, también pueden ser transmisoras de la bacteria.
Los consejos que podemos dar son: cocinar bien las carnes y cuidar la elaboración de tortillas, siguiendo las siguientes recomendaciones:

A la hora de manipular alimentos no te la juegues, tu salud es lo primero.

Estudios recientes realizados por expertos de la Universidad de Gante (Bélgica) y la Universidad de Wageningen (Países Bajos)  han afirmado que existe una relación entre los cambios de temperatura y en las precipitaciones y la contaminación de la fruta y los vegetales. De hecho, los expertos se preguntan si, en un futuro, se podrán consumir verduras y frutas seguras en un clima tan cambiante.
 
A medida que aumente la temperatura del planeta y se produzcan cambios en las precipitaciones, se modificará la distribución de las plagas y los microorganismos patógenos, así como el crecimiento de moho, hongos y la producción de micotoxinas (aflatoxinas), un tipo de sustancias tóxicas generadas por distintos tipos de hongos que proliferan en los cultivos que sufren sequías persistentes, o en el caso contrario, periodos prolongados de alta humedad. Además, la proliferación de algas perjudiciales puede suponer un problema con algunas especies marinas y mariscos.
 
Según el Departamento de Agricultura estadounidense, el cambio climático afecta a la producción de alimentos de distintas maneras:

• La sequía provoca una pérdida de vigor de las plantas, por lo que estas son más susceptibles a las enfermedades.
• Las inundaciones y lluvias fuertes favorecen el crecimiento de hongos patógenos en las hojas y muchos organismos que causan enfermedades se propagan con las corrientes de aire. Conducen también a la contaminación de los suelos.
• Las altas temperaturas de los océanos y la salinidad hacen que aumente la presencia de vibrios, que afectan al marisco.
• La desertificación incrementa la concentración de pesticidas en las plantas.
• El aumento de la temperatura del agua lleva a una mayor contaminación por mercurio de peces.

 
Garantizar la seguridad de los alimentos forma parte de numerosos estudios y proyectos, entre los que destaca Veg-i-Trade, proyecto de investigación financiado por la UE para estudiar la relación entre el cambio climático y enfermedades transmitidas por alimentos. En concreto, el proyecto se centra especialmente en la seguridad microbiana y en la seguridad de los residuos de pesticidas, se simulan posibles escenarios medioambientales y cómo van a afectar al comercio de alimentos a nivel europeo y mundial. Este estudio ha trabajado teniendo en cuenta las posibles fuentes de contaminación (estiércol, suelo, aguas superficiales, residuales y vida silvestre) y los efectos del cambio climático sobre la supervivencia y crecimiento de bacterias en la estacionalidad de los alimentos.

Según explican los expertos de la Universidad de Gante, en el proyecto Veg-i-Trade se ha llegado a la conclusión de que la etapa de la pre-cosecha en la producción alimentaria es la que tiene mayor riesgo de contaminación por patógenos como la Salmonella o la E. coli, pero también se incrementa el riesgo en etapas posteriores como el trasporte, el almacenamiento y el procesado de los alimentos, algo que en principio se realiza en ambientes más controlados.

Los expertos consideran que es prioritario que las empresas y las comunidades a nivel local o nacional lleven a cabo estrategias que permitan superar estos problemas ya que los escenarios climáticos serán diferentes en cada zona del planeta. Sin embargo, a pesar de que el problema les afecta de forma directa, hoy en día las compañías de alimentación toman pocas medidas contra el cambio climático.